Automobil patří k nejčastějším druhům majetku, které se používají podnikání. Pořízení a používání automobilu může mít několik různých variant.

Nejběžnější výdaje mohou být s používáním auta spojeny:

-       výdaje na pořízení - odpisy, nájemné u finančního leasingu, náhrady za 1 km jízdy u auta, které není v majetku firmy

-       výdaje na pohonné hmoty - sledování skutečné spotřeby, náhrady, paušál

-       náklady na opravy a údržbu, servisní prohlídky

-       náklady na další provoz auta - pojištění, vybavení, dálniční známku, parkování, ...

-       silniční daň

Pokud nechceme uplatňovat výdaje na dopravu autem podle dokladů nebo podle najetých kilometrů, můžeme uplatnit tzv. paušál.

Kdo může uplatnit paušální výdaje:

-       fyzická osoba používající vozidlo v souvislosti s příjmy z podnikání podle § 7 zákona o daních z příjmů (ZDP)

-       fyzická osoba používající vozidlo v souvislosti s příjmy z pronájmu podle § 9 ZDP

-       právnická osoba používající vozidlo ke služebním účelům

-       plátce i neplátce DPH

 
Kdo nemůže uplatnit paušální výdaje:

-       podnikatelé, kteří uplatňují výdaje procentem z příjmů dle § 7 odst. 7 ZDP

-       fyzická osoba s příjmy podle § 10 – ostatní příjmy

Podmínky uplatnění paušálu:

-       poplatník je vlastníkem vozidla, přičemž vlastník fyzická osoba jej přitom nemusí zahrnout do obchodního majetku

-       paušál na dopravu zahrnuje spotřebované PHM a parkovné při pracovních cestách, ostatní výdaje (odpisy, údržba, opravy, nájemné, pojistné, poplatky, silniční daň) lze uplatnit jako výdaj běžným způsobem

-       poplatník používá vozidlo (alespoň z části) k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů

-       v příslušném kalendářním měsíci nebylo vozidlo přenecháno k užívání jiné osobě (ani na část měsíce), paušální výdaj se uplatňuje za celé kalendářní měsíce

-       5.000 Kč na jedno motorové vozidlo za každý celý kalendářní měsíc, ve kterém poplatník využíval silniční motorové vozidlo k podnikání a současně toto vozidlo nepřenechal ani po část měsíce k užívání jiné osobě

-       poplatník může uplatnit paušální výdaj maximálně u tří silničních vozidel

-       vozidlem se rozumí osobní automobil, motocykl, tříkolka, čtyřkolka, autobus, nákladní automobil, speciální automobil, tahač atd.

-       paušál se vztahuje na vozidlo, nikoliv na poplatníka

-       nelze uplatnit u bezplatně vypůjčeného vozidla

-       v měsíci pořízení nebo vyřazení lze uplatnit poměrnou část paušálního výdaje (např. podle počtu dnů od pořízení nebo do vyřazení)

-      pokud je vozidlo ve společném jmění manželů nebo ve spoluvlastnictví více poplatníků, mohou si dohromady uplatnit paušální výdaj nejvýše do 5.000 Kč

-     za přenechání vozidla k užívání jiné osobě se nepovažuje uskutečnění pracovní cesty spolupracující osobou nebo zaměstnancem, který vozidlo nevyužívá i pro soukromé účely

-     nelze během zdaňovacího období měnit způsob uplatnění výdajů (nelze např. tři měsíce uplatnit skutečné výdaje a zbytek paušálně)

-     lze uplatnit u vozidla ve vlastnictví nebo spoluvlastnictví poplatníka, případně u vozidla v nájmu (finanční i operativní leasing)

-     za vozidlo, u kterého uplatňujeme paušální výdaj na dopravu, musíme platit silniční daň, to znamená i zálohy během roku

-     používá-li poplatník vozidlo pouze zčásti k podnikání, lze uplatnit pouze krácený paušál ve výši 80 %, tj. 4.000 Kč

-     při použití kráceného paušálu nelze jako výdaj uplatnit 20 % ostatních výdajů, při odpisování silničního motorového vozidla, u kterého byl uplatněn krácený paušál na dopravu, se odpis uplatní poměrnou částí, tj. 80 %

-     použije-li poplatník krácený paušál, předpokládá se, že ostatní (maximálně dvě) vozidla, u nichž uplatní paušál, užívá výlučně k podnikání. I kdyby je použil k soukromým účelům, může uplatnit nekrácený paušál. Krácený paušál uplatní jen u jednoho vozidla, u dalších dvou uplatní nekrácený.

-     při použití paušálu na dopravu poplatník nemusí pro účely ZDP prokazovat použití vozidla k podnikání, výši částek za PHM či počet ujetých kilometrů, nemusí dokládat ani evidenci jízd (knihu jízd)

U plátců, kteří si u daně z příjmů zvolí možnost uplatnění paušálního výdaje na dopravu, se tedy tato skutečnost do uplatňování DPH nijak nepromítá. Nárok na odpočet DPH a podmínky pro jeho uplatnění stanoví zejména § 72 a § 73 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, v platném znění.
 
Nadále tak platí, že plátce má právo uplatnit nárok na odpočet, pokud přijme od jiného plátce zdanitelná plnění, použije je pro svoji ekonomickou činnost a doloží je daňovým dokladem.
 
Dodržení těchto podmínek v daňovém řízení musí prokázat. Bylo a je vždy na plátci daně, jakými důkazními prostředky užití motorového vozidla a spotřebu pohonných hmot pro ekonomickou činnost doloží.
 
Pro účely tohoto zákona se má za to, že poplatník užívá silniční motorové vozidlo, u kterého uplatňuje paušální výdaj na dopravu, výlučně k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů, pokud tak prohlásí, není-li prokázáno jinak (§ 24 odst. 2 písm. zt).
 
Tato věta znamená, že důkazní břemeno není na straně poplatníka, jak je pravidlem u daňových zákonů, ale na straně správce daně. Tedy správce daně musí prokázat, že vozidlo bylo použito např. i k soukromým účelům, nebo že bylo přenecháno po část zdaňovacího období jiné osobě.

Skutečné výdaje se použijí pro vozidla zařazená do majetku firmy, u vozů na leasing i u vozů pronajmutých a bezplatně vypůjčených. Postupuje se podle dokladů od nákupu, je třeba vše doložit doklady a vést knihu jízd. Pokud se vozidlo používá i k soukromým účelům je třeba výdaje a případně uplatňovanou DPH krátit. U auta zařazeného v majetku se platí silniční daň i v těch měsících, kdy auto nejezdí.