Každá účetní jednotka má povinnost vypracovat a pravidelně aktualizovat vnitropodnikové směrnice.

Tyto pokyny slouží ke dvěma účelům – jednak jsou obvykle jediným zdrojem informací o povinnostech vyplývajících pro účetní jednotku z platné legislativy a dále jsou nástrojem pro řízení firem, pro vymezení určitých firemních pravidel a postupů.

  Pokud jde o formu, jakou by měly vnitropodnikové směrnice mít, tato není žádnými legislativními normami přesně vymezena. Vhodné je, aby směrnice měly pokud možno jednotnou hlavičku, ve které budou uvedeny důležité údaje, z nichž bude vyplývat nezpochybnitelně platnost a datum účinnosti každé směrnice, dále identifikační údaje účetní jednotky, název a obsah každé jednotlivé směrnice, její schválení odpovědnou osobou, případně další údaje dle potřeb účetní jednotky.

 
Vnitropodnikové směrnice by se měli zpracovat tak, abychom se vyhnuli zbytečným sáhodlouhým citacím z platných zákonů, vyhlášek a pokynů, aby směrnice po obsahové stránce podávaly skutečně jen základní nezbytné údaje a byly psány jasně, stručně a hlavně srozumitelně pro všechny zaměstnance firmy.
 
Účetní jednotka se při zpracování svého účetnictví musí řídit mnoha zákonnými předpisy, patří mezi ně zejména:

-zákon 563/1991 Sb. o účetnictví

-zákon 586/1992 Sb. o daních z příjmů

-zákon 235/2004 Sb. o dani z přidané hodnoty

-zákon 16/1993 Sb. o silniční daní

-zákon 338/1992 Sb. o dani z nemovitostí

-zákon 280/2009 Sb. daňový řád

-zákon 593/1992 Sb. o rezervách pro zjištění základu daně

-zákon 139/2011 Sb. o platebním styku

-zákon 513/1991 Sb. obchodní zákoník

-zákon 40/1964 Sb. občanský zákoník

-zákon 262/2006 Sb. zákoník práce

-České účetní standardy

-Vyhláška č. 500/2002 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení zákona č. 563/1991 Sb.

-Pokyny MF ČR řady D

-Pokyny GFŘ řady D.

Vnitropodnikové účetní směrnice by měly obsahovat:

1. Úvodní ustanovení.
2. Obecné předpisy a zásady – základní informace o účetní jednotce, o zajištění zpracování účetnictví, informace o účetním softwaru, oběhu, přezkušování a úschově účetních dokladů. Měly by být uvedeny informace o účtovém rozvrhu, o účetních knihách a jejich vedení, o používání prostředků výpočetní a jiné techniky. Mezi obecné předpisy by měly být zahrnuty i informace vztahující se k účetní závěrce.
3. Konkrétní zásady a předpisy vedení účetnictví, tedy postupy účtování účetní jednotky. Lze zvolit postup podle účtování v jednotlivých účtových třídách nebo popis jednotlivých problematických okruhů. Například časové rozlišení nákladů a výnosů včetně dohadných položek; zásady pro tvorbu a používání rezerv; oceňování majetku a závazků; evidence dlouhodobého majetku, jeho odpisování a evidence drobného majetku a jeho evidence; zásoby a jejich evidence včetně norem přirozených a technologických úbytků; druhy materiálů účtovaných přímo do spotřeby; tvorba a používání opravných položek; evidence majetku a závazků v cizí měně, použití kurzů a účtování kurzových rozdílů; inventarizace majetku a závazků; kalkulace a soustava rozpočtů; vedení evidence pro potřeby DPH.
4. Ostatní vlastní směrnice a postupy zahrnují informace o vnitropodnikovém účetnictví, o výdajích na pracovní a sociální podmínky na pracovištích na péči a ochranu zaměstnanců. Dále informace o stravování zaměstnanců, o poskytování cestovních náhrad. Účetní jednotka by měla popsat operativní evidenci nářadí a majetku; dohody o hmotné odpovědnosti; postupy účtování obalů a zajišťovacího materiálu; sledování nákladů na jakost a podobně.