Začátkem roku dojde ke změně v kontrolním hlášení a to ve znění popisu XML struktury EPO formuláře kontrolního hlášení, a to z důvodu zpřísnění kontroly kontrolních hlášení podaných z datových schránek, která jsou zároveň tzv. rychlou odpovědí na výzvu.

Pokud se použije tlačítko „Rychlá odpověď na výzvu“, kterou plátce oznamuje, že nemá povinnost podat kontrolní hlášení, nebo potvrzuje správnost naposledy podaného kontrolního hlášení, nesmějí být vyplněny řádky v oddílech A, B i C.
 
V současné době je vyplnění těchto oddílů v případech rychlé odpovědi na výzvu zatím propustnou chybou. Od 1. 1. 2017 se kontrola zvyšuje na úroveň kritická. Tato podání budou označena za neúčinná.

Ještě pro připomenutí kontrolní hlášení nenahrazuje daňové přiznání. Jedná se o zcela odlišný institut.

Ikdyž je kontrolní hlášení díky použitému označení slovem „hlášení“ řádným daňovým tvrzením podle daňového řádu, nejde o tvrzení daně jako takové. Nicméně správce daně může získané údaje využít při správě daní a případně i při stanovení výše daně.
 
Kontrolní hlášení vychází z evidence pro účely daně z přidané hodnoty. Vzhledem k tomu, že údaje uváděné v kontrolním hlášení odpovídají údajům vykazovaným ve výpisu z evidence pro účely daně z přidané hodnoty ve vztahu k režimu přenesení daňové povinnosti, byla povinnost podání tohoto výpisu zrušena společně se zavedením kontrolního hlášení což bylo od 1. 1. 2016.