Lhůty jsou nedílnou a důležitou součástí daňového řádu a jejich dodržování se týká jak osob zúčastněných na správě daní, tak i samotných správců daně.

Daňový řád (zákon č. 280/2009 Sb., dále jen „DŘ“) obsahuje celou řadu lhůt, které jsou uvedeny vždy u konkrétního institutu. Společná obecná úprava platná pro všechny lhůty je obsažena v části druhé v Hlavě II v § 32 až § 38 DŘ.
Lhůtu lze definovat jako časově omezený interval k tomu, aby někdo právně jednal. Pokud bude ve stanovené lhůtě jednáno, bude lhůta dodržena. Jestliže nedojde k jednání ve stanovené lhůtě, dojde k marnému uplynutí lhůty.
 
Lhůty lze třídit podle různých kritérií, např. na lhůty hmotněprávní a procesní, původní a prodloužené, lhůty rozdělené podle času atd. Základní pojetí lhůt při správě daní však vychází zejména z jejich rozdělení na lhůty zákonné a lhůty správcovské.
Lhůty zákonné jsou stanoveny DŘ nebo jiným daňovým zákonem.
 
Zákonné lhůty ustanovují práva a povinnosti:

1. daňových subjektů a třetích osob

- lhůta pro podání daňového přiznání k dani z příjmů (§ 136 DŘ)

- lhůta pro zaplacení přiznané daně (§ 135 odst. 3 DŘ),

- obecná lhůta pro odvolání (§ 109 odst. 4 DŘ),

- lhůta pro uplatnění nároku na náhradu nákladů (§ 107 odst. 3 DŘ),

2. pro správce daně

- lhůta pro stanovení daně (§ 148 DŘ),

- lhůta pro vybrání a vymáhání daně (§ 160 DŘ),

-  lhůta na vydání rozhodnutí o žádosti o posečkání (§ 156 odst. 2 DŘ).

 
Lhůty správcovské jsou stanoveny rozhodnutím správce daně. Převážně se jedná o výzvy ke splnění daňové povinnosti, lhůta přitom není stanovena zákonem. Tyto lhůty mají pořádkovou povahu, proto se někdy nazývají pořádkovými. Jejich uplynutím nenastane zánik práv či povinností, ale marné uplynutí způsobí jiný následek.
 
Příkladem správcovských lhůt jsou například výzvy:

- pro podání daňového přiznání, vyúčtování či      hlášení (§ 145 DŘ),

- k odstranění vad podání (§ 74 odst. 1 DŘ),

- k doplnění vad odvolání (§ 112 odst. 2 DŘ).

Správce daně je při stanovení délky lhůt k provedení úkonu potřebného pro správu daní vázán ustanoveními uvedenými v § 32 DŘ. Lhůtu kratší než 8 dnů lze stanovit jen zcela výjimečně pro úkony jednoduché a zvlášť naléhavé, přičemž úkon musí splňovat oba požadavky zároveň (jednoduchost a naléhavost).

Ustanovení se týká obecných pravidel lhůt určených správci daně pro vydání rozhodnutí nebo provedení jiného úkonu. Běh lhůty pro správce daně se staví (lhůta přestává běžet) vydáním rozhodnutí k součinnosti, jestliže je její počátek závislý na podání osoby zúčastněné na správě daní.

Správce daně může na žádost daňového subjektu nebo z vlastního podnětu prodloužit až o 3 měsíce lhůtu pro podání řádného daňového tvrzení. Pokud předmět daně tvoří i příjmy, které jsou předmětem daně v zahraničí, může správce daně prodloužit lhůtu pro podání daňového přiznání až na 10 měsíců po uplynutí zdaňovacího období.

 Lhůty jsou nedílnou a důležitou součástí daňového řádu a jejich dodržování se týká jak osob zúčastněných na správě daní, tak i samotných správců daně. Nedodržení lhůt z jiných důvodů než vážných je spojeno s různými následky. Ve většině případů dochází ke vzniku sankcí například v podobě pořádkové pokuty, pokuty za opožděné tvrzení daně, penále či úroku z prodlení.